时间是FF7结局陨石撞击Midgar的两年后。人们在几乎成为废墟的Midgar周围新建了一个条大街取名“Edge”。神罗公司不复存在,人们也终于了解到过度开采魔晃能源带来的危害有多么巨大,开始寻找新的对星球无害的能源。
正当人们努力重建家园的时候,人群中开始蔓延一种名为“星痕症候群”的不治怪病,一说是愤怒的星球对人类的惩罚,真的是这样的吗?
Tifa战后在Edge重开了她的酒吧Seventh Heaven,同时照料着一群患“星痕症候群”的孤儿。
Cloud离开朝夕相处的同伴开了一家运输公司独自一人行动,在某一天他遇到了3个叫他“哥哥”的神秘黑衣人,白发绿眼似曾相识,他们的目的只有一个——寻找“母亲”Jenova的头部完成Reunion复活Sephiroth。对Aerith牺牲强烈的自责感和“星痕症候群”的不断发作使Cloud在战斗中越发吃力,而突如其来的一场小雨治愈了Cloud的星痕症,冥冥中Cloud仿佛听到了“她”的鼓励声,终于振作起来的Cloud面对复活的Sephiroth使出了他的最强技——超究武神覇斬ver.5……
教堂中从地低冒出的水拯救了所有的病人,没人能解释这股水是从哪来的——其实也不需要解释,是的,只有“她”,谢谢你,Aerith。